PCR-menetelmä ryhmän I (proteolyyttisten) ja ryhmän II (ei-proteolyyttisten) Clostridium botulinum -kantojen erottamiseksi toisistaan

Show simple item record

dc.contributor University of Helsinki, Faculty of Veterinary Medicine, Department of Food and Environmental Hygiene en
dc.contributor Helsingin yliopisto, Eläinlääketieteellinen tiedekunta, Elintarvike- ja ympäristöhygienian laitos fi
dc.contributor Helsingfors universitet, Veterinärmedicinska fakulteten, Institutionen för livsmedel och miljöhygien sv
dc.contributor.author Dahlsten, Elias
dc.date.accessioned 2007-02-13T06:29:35Z en
dc.date.accessioned 2009-09-01T08:01:12Z
dc.date.available 2007-02-13T06:29:35Z en
dc.date.available 2009-09-01T08:01:12Z
dc.date.issued 2006
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/1975/1038
dc.description Vain tiivistelmä. Koko työ lainattavissa Viikin tiedekirjastosta. fi
dc.description.abstract Clostridium botulinum on ehdottoman anaerobinen gram-positiivinen sauvabakteeri ja vaarallinen ruokamyrkytyspatogeeni. Sen tuottama hermomyrkky, botulinumtoksiini, aiheuttaa hengenvaarallista botulismia ihmisillä ja eläimillä. C. botulinum muodostaa itiöitä, jotka säilyvät äärimmäisissäkin ympäristöolosuhteissa. C. botulinum -kannat jaetaan metabolisten ominaisuuksiensa perusteella ryhmiin I-IV, joista ryhmät I ja II ovat ihmisille vaarallisia neurotoksiineja tuottavia. Ryhmän I kannat ovat proteolyyttisiä ja ryhmän II kannat ei-proteolyyttisiä. Bakteerin tuottaman toksiinin tyypin perusteella kannat jaetaan toksinotyyppeihin A-G, joista ryhmään I kuuluvat tyypit A, B ja F sekä ryhmään II tyypit B, E ja F. Koska samaa toksinotyyppiä olevia kantoja esiintyy sekä ryhmässä I että ryhmässä II, pelkän toksinotyypin perusteella kantojen erottelu ryhmiin ei ole mahdollista. Samaa toksinotyyppiä olevissa eri metabolisiin ryhmiin kuuluvissa kannoissa ainoa yhteinen tekijä on tuotetun toksiinin tyyppi. C. botulinum -kantojen tyypittämiseksi ryhmiin on tällä hetkellä käytössä erilaisia molekyylibiologisia menetelmiä, sekä perinteinen mikrobiologinen menetelmä jolla saadaan selville kannan proteolyyttisyys tutkimalla sen kykyä hajottaa kaseiinia. Molekyylibiologisista menetelmistä mainittakoon AFLP ja ribotyypitys. Menetelmien ongelmina ovat mm. niiden hitaus ja työläys sekä perinteisessä mikrobiologiassa epätarkka tulkinta. Tässä tutkimuksessa etsittiin ryhmien I ja II C. botulinum -kantoja erottelevat geenialueet DNAmikrosirutekniikan avulla. Ryhmien I ja II kaikista eri toksino-tyyppisistä (ryhmä I: A, B, F; ryhmä II: B, E, F) C. botulinum -kannoista eristetyt puhtaat DNA-näytteet leimattiin fluoresoivalla merkkiaineella ja hybridisoitiin C. botulinum ATCC 3502 DNA-mikrosirulle kilpailevaa hybridisaatiota käyttäen. Kontrollina käytettiin C. botulinum ATCC 3502 -kannan DNA:ta. DNA-mikrosirulla oli koettimina PCR-tuotteet ATCC 3502 -kannan kaikista geeneistä. Siten kaikkien näiden geenien läsnäoloa näytteessä pystyttiin tutkimaan yhdellä DNA-mikrosirukokeella. DNA:n hybridisaatioastetta koetinkohtaisesti tutkimalla etsittiin suurimman logaritmisen intensiteettieron ryhmien I ja II välillä antaneet geenialueet. Tunnistettujen alueiden perusteella suunniteltiin kuusi ryhmän I kannoille spesifistä alukeparia, joista kahden (CBO0250F/R ja CBO1073F/R) toimivuus testattiin 60 ryhmän I ja II eri toksinotyyppisellä C. botulinum -kannalla. PCR-menetelmä ryhmien I ja II erottamiseksi toisistaan optimoitiin käyttäen alukeparia CBO0250F/R, joka erotteli tarkasti kaikki 60 testattua C. botulinum -kantaa ryhmiin I ja II. Kehitetyllä PCR- menetelmällä voidaan erotella C. botulinum -kannat ryhmiin I ja II aikaisempiin molekyylibiologiin menetelmiin verrattuna huomattavasti nopeammin ja perinteisiin menetelmiin verrattuna luotettavammin. Menetelmä soveltuu rutiinikäyttöön C. botulinum -kantojen ryhmiin I ja II tyypittämiseen. Yksinkertaisten ja nopeiden tyypitysmenetelmien käyttö osana C. botulinumin diagnostiikkaa olisi tärkeää tautitapausten epidemiologisessa selvitystyössä, ja niitä tulisikin ottaa mahdollisimman paljon rutiinikäyttöön. fi
dc.format.extent 24 bytes en
dc.format.mimetype text/plain en
dc.language.iso fi
dc.subject ryhmät I ja II fi
dc.subject proteolyyttinen fi
dc.subject ei-proteolyyttinen fi
dc.subject metabolinen ryhmä fi
dc.subject genotyyppiset erot fi
dc.subject DNA-mikrosirutekniikka fi
dc.subject PCR
dc.title PCR-menetelmä ryhmän I (proteolyyttisten) ja ryhmän II (ei-proteolyyttisten) Clostridium botulinum -kantojen erottamiseksi toisistaan fi
dc.type Thesis en
dc.identifier.laitoskoodi E9000
dc.subject.ysa Clostridium botulinum fi
dc.subject.ysa diagnostiikka fi
dc.subject.ysa genotyyppi fi
dc.type.dcmitype Text
dc.subject.discipline Elintarvikehygienia fi
dc.subject.discipline Livsmedelhygien sv
dc.subject.discipline Food Hygiene en

Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record