Yliopiston etusivulle Suomeksi På svenska In English Helsingin yliopisto

Yersinia pseudotuberculosiksen histidiinikinaasia RstB, hybridikinaasia EvgS sekä σE- ja σS-tekijöitä koodaavien geenien ilmentyminen 30 °C ja 5 °C lämpötiloissa

Show simple item record

dc.contributor.author Sihto, Henna-Maria en
dc.contributor.other Helsingin yliopisto, Eläinlääketieteellinen tiedekunta, elintarvike- ja ympäristöhygienian laitos en
dc.date.accessioned 2009-09-01T08:00:13Z
dc.date.accessioned 2008-12-31T09:43:09Z en
dc.date.available 2008-12-31T09:43:09Z en
dc.date.available 2009-09-01T08:00:13Z
dc.date.issued 2008-12-31T09:43:09Z en
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/1975/8411
dc.description Elintarvikehygienia. Vain tiivistelmä. en
dc.description.abstract Y. enterocolitica and Y. pseudotuberculosis are the third most common reported zoonoses after Campylobacter and Salmonella. Y. pseudotuberculosis has caused 10 outbreaks in Finland since 1997. The symptoms of yersiniosis include fever, right-sided abdominal pain and diarrhea. Post-infectious complications are common. Refrigeration is the most common modern food preservation method, however, as psychrotrophs, enteropathogenic Yersinia are able to grow at refrigerator temperatures. However, the mechanism behind psychrotrophy is still unknown. The aim of this study was to determine the expression levels of rstB, evgS and the genes coding for the σE- and σS-factors of Y. pseudotuberculosis IP 32953 at 30°C and after temperature drop to 5°C. Total RNA had been extracted before and 30 minutes, 3, and 7 hours after the temperature downshift for previously performed DNA microarray gene expression studies. Low temperature had been found to increase the expression levels of these genes in these studies. The gene expression levels were determined using real-time quantitative PCR (RT-qPCR). RNA-samples were reverse transcribed into complementary DNA (cDNA), which was used as a template in the qPCR-reactions. The gene expression levels at different time points were determined by measuring the signal emitted by the fluorescent dye. THE ∆∆Ct-method was used for relative quantification. The 16S rRNA (locus tag YPTB_RNA_102) was used for normalization. The expression levels of all the studied genes were approximately doubled 30 minutes after the cold shock demonstrating the significance of the genes in the immediate cold shock response. The expression levels were at highest 3 hours after the cold shock: 2,4-fold for rstB, 4,4-fold for evgS, 6,6-fold for sigmaE and 5,6-fold for rpoS compared with the expression level before the cold shock. The expression levels of all the four genes were decreased 7 hours after the cold shock illustrating adaptation to the lower temperature. The results confirm the findings of the DNA microarray gene expression experiments done previously in the research group. In the future the knowledge of the genes involved in the cold shock response can be utilized in controlling the growth of Y. pseudotuberculosis in foodstuffs. en
dc.description.abstract Yersinia enterocolitica ja Y. pseudotuberculosis ovat kolmanneksi yleisimpiä suolistoinfektiota aiheuttavia bakteereita kampylobakteerien ja salmonellojen jälkeen. Vuoden 1997 jälkeen Y. pseudotuberculosis on aiheuttanut Suomessa 10 epidemiaa. Y. pseudotuberculosiksen aiheuttaman yersinioosin yleisimpiin oireisiin kuuluvat kuume, oikeanpuoleinen vatsakipu ja ripuli. Infektioon liittyy usein jälkitauteja. Elintarvikkeiden kylmävarastointi ei estä bakteerin kasvua, koska psykrotrofina Y. pseudotuberculosis pystyy lisääntymään myös jääkaappilämpötilassa (4 - 8 ºC). Emme kuitenkaan tiedä, millä mekanismeilla bakteeri pystyy kasvamaan alhaisissa lämpötiloissa. Tutkimuksen tarkoituksena oli määrittää Y. pseudotuberculosiksen histidiinikinaasia RstB, hybridikinaasia EvgS sekä σE- ja σS-tekijöitä koodaavien geenien ilmentymistasot ennen kylmäsokkia 30 ºC:ssa ja kylmäsokin (5 ºC) jälkeen. Tutkimushypoteesi oli, että ilmentymistasot nousevat kylmäaltistuksessa, koska DNA-mikrosirukokeissa geenien aktiivisuuden oli todettu lisääntyvän kylmässä. Aineistona oli Y. pseudotuberculosis IP 32953 -kanta, josta oli eristetty RNA neljässä eri aikapisteessä: ennen kylmäsokkia eksponentiaalisen kasvun alkuvaiheessa ja kylmäsokin jälkeen 30 minuutin, 3 tunnin ja 7 tunnin kuluttua. Geenien ilmentymistasot määritettiin käyttämällä reaaliaikaista kvantitatiivista PCR-menetelmää (RT-qPCR). RNA-näytteet käännettiin PCR-laitteessa komplementaariseksi DNA:ksi, joka toimi templaattina qPCR-reaktiossa. Geenien ilmentymistasot eri aikapisteissä määritettiin fluoresoivan väriaineen lähettämän signaalin perusteella. Suhteellisessa kvantifikaatiossa käytettiin ∆∆Ct-menetelmää, jossa geenien ilmentymistä eri aikapisteissä verrataan ilmentymistasoon ennen kylmäsokkia. Normalisaatiossa käytettiin 16S rrn –geeniä. Kaikkien tutkittujen geenien ilmentymistasot olivat korkeimmillaan 3 tunnin kuluttua kylmäsokista. rstB-geenin ilmentyminen oli korkeimmillaan 2,4-kertainen, evgS-geenin 4,4-kertainen, sigmaE-geenin 6,6-kertainen ja rpoS-geenin 5,6-kertainen verrattuna geenien ilmentymistasoon ennen kylmäsokkia. Kaikkien geenien ilmentyminen oli noin kaksinkertaistunut 30 minuutin kuluttua kylmäsokista, joten geeneillä on merkitystä välittömässä kylmävasteessa. Havaittu geenien ilmentymistasojen lasku 7 tunnin aikapisteessä kertoo bakteerin alkamisesta sopeutua kylmään 7 tunnin sisällä kylmäsokista. Tulokset vahvistavat aikaisempien tutkimusryhmässä tehtyjen DNA-mikrosirukokeiden havainnot. Tulevaisuudessa tietoa kylmänsietoon liittyvien geenien toiminnasta voidaan hyödyntää etsittäessä keinoja vaikuttaa kylmäsokkivasteen muodostumiseen ja Y. pseudotuberculosiksen kasvun hallitsemiseen elintarvikkeissa. en
dc.language.iso fi en
dc.subject rpoS en
dc.subject kylmänsieto en
dc.subject sigmaE en
dc.subject rstB en
dc.subject evg en
dc.subject RT-qPCR en
dc.subject Yersinia pseudotuberculosis en
dc.title Yersinia pseudotuberculosiksen histidiinikinaasia RstB, hybridikinaasia EvgS sekä σE- ja σS-tekijöitä koodaavien geenien ilmentyminen 30 °C ja 5 °C lämpötiloissa en
dc.title.alternative The expression of rstB, evgS and the genes coding for the σE- and σS-factors in Yersinia pseudotuberculosis at 30°C and 5°C en
dc.type Master's thesis en
dc.identifier.laitoskoodi E9000 fi
dc.creator.corporateName Eläinlääketieteellinen tiedekunta fi
dc.creator.corporateName Veterinärmedicinska fakulteten sv
dc.creator.corporateName Faculty of Veterinary Medicine en

Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search Helda


Advanced Search

Browse

My Account