Pihasyreenigenotyyppien tunnistaminen ja leviämisreittien selvittäminen

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201606092319
Title: Pihasyreenigenotyyppien tunnistaminen ja leviämisreittien selvittäminen
Author: Kotkavuori, Juulia
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry, Department of Agricultural Sciences
Publisher: Helsingfors universitet
Date: 2016
Language: fin
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201606092319
http://hdl.handle.net/10138/163695
Thesis level: master's thesis
Discipline: Växtproduktions biologi
Plant Production Biology
Kasvintuotannon biologia
Abstract: Pihasyreeni on vanhimpia Suomessa viljeltyjä koristepensaita. Perusmuoto levisi meille 1700-luvun alussa ja pihasyreenilajikkeet tulivat 1800-luvun puolivälin jälkeen. Tässä tutkimuksessa oli tavoitteena luoda valituille pihasyreeniyksilöille DNA-sormenjäljet, joilla pystytään varmentamaan tiettyjen Helsingin puistoista löytyneiden jalosyreenien oikeat lajikenimet verrannenäytteiden avulla. Toinen tavoite oli selvittää pihasyreenin leviämisreittejä Suomeen. Työhypoteesina oli että pihasyreeni levisi viljelyyn sekä Turun että Viaporin kautta. Tätä testattiin vertaamalla historiallisissa kohteissa kasvavien vanhojen syreenipensaiden DNA-sormenjälkiä keskenään. Yhdeksällä mikrosatelliittialukeparilla saatiin luotua DNA-sormenjäljet 88 näytteelle. Aineiston ja mikrosatelliittimerkkien monimuotoisuutta arvioitiin alleelien efektiivisellä lukumäärällä, odotetulla heterotsygotialla ja PIC-arvoilla sekä AMOVA:lla. Klusterianalyysin ja sukupuun avulla etsittiin toisiaan vastaavia näytteitä. Tutkimusaineistosta löytyi yhteensä 35 alleelia, joita oli jokaisessa yhdeksässä lokuksessa vähintään kaksi. Informatiivisimmat geenimerkit olivat SV2, SV4 ja SV1. Molekyylivarianssi osoitti tilastollisesti merkitsevää muuntelua, mikä johtui sekä ryhmien välisestä että sisäisestä muuntelusta. Tutkittu aineisto oli monimuotoista ja geenimerkit sopivat hyvin Syringa vulgaris -lajin tutkimiseen. Puuttuvat lokustiedot hankaloittivat lajiketunnistusta, joten tutkimuksessa kyettiin varmistamaan vain yksi genotyyppi lajikkeeksi ’Congo’. Yhteneväisyyksiä löytyi Turusta ja Viaporista levinneiden näytteiden kesken, joten aineisto ei tue hypoteesia kahdesta vanhasta pihasyreenikannasta.The common lilac is one of the oldest cultivated ornamentals in Finland. The basic form of common lilac spread here in the beginning of the 18th century and lilac cultivars came in the mid-19th century. The aim of this study was to create DNA fingerprints for selected un-named common lilac individuals found in parks of Helsinki. The second objective was to find out the spread and cultivation history of common lilac in Finland. The hypothesis was that the common lilac was introduced and dispersed via Turku and Viapori. This was tested by comparing the DNA fingerprints of old lilac shrubs growing in historical sites with each other. DNA fingerprints were created for 88 samples using nine microsatellite markers The diversity of the microsatellite markers and the lilacs were evaluated by the effective number of alleles, expected heterozygosity and PIC values and AMOVA, respectively. Cluster analysis and a UPGMA dendrogram allowed the detection of identical samples. A total of 35 alleles were found and each of the nine loci was polymorphic. The effective number of alleles ranged from 1.17 to 4.83. The expected heterozygosity ranged from 0.14 to 0.79. The markers SV2, SV4 and SV1 had the highest PIC-values, more than 0.5. The analysis of molecular variance (AMOVA) showed significant level of differentiation between the clustered groups. The variation is explained by differences between and among the groups. The common lilac material studied was diverse. Microsatellite markers proved to be suitable for the study of Syringa vulgaris –species. Cultivar identification was complicated by missing amplification products. One local shrub was identified as the old French cultivar 'Congo'. The samples from historical sites connected to Turku and Viapori did not show any consistent differences, so the data do not support the hypothesis of two old lilac populations.


Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record