Kainuunharmaksen geneettisen vaihtelun arvio sukupuutiedoista

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201706154932
Title: Kainuunharmaksen geneettisen vaihtelun arvio sukupuutiedoista
Author: Rissanen, Hannele
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry, Department of Agricultural Sciences
Publisher: Helsingfors universitet
Date: 2017
Language: fin
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201706154932
http://hdl.handle.net/10138/193754
Thesis level: master's thesis
Discipline: Kotieläintiede
Animal Science
Husdjursvetenskap
Abstract: Tässä tutkielmassa selvitettiin kainuunharmaksen geneettistä monimuotoisuutta sukupuuaineistoon pohjautuen. Aineisto saatiin ProAgria Keskusten Liiton lampaiden tuotosseurannan tietokannasta sisältäen yhteensä 22 467 yksilöä vuosilta 1982–2014. Sukusiitosaste laskettiin kaikille eläimille. Syntymävuosittaisten keskiarvojen laskemisessa käytettiin kuitenkin vain eläimiä, joiden sukupuu oli tarpeeksi kattava (PEC selitys tälle >0.8 käyttäen viittä sukupolvea). Keskiarvot laskettiin erikseen jälkeläistä saaneille yksilöille sekä jalostuspässeille ja jalostusuuhille. Jalostukseen käytettyjen eläinten väliset sukulaisuusasteet laskettiin syntymävuosittain jalostuspässeille, jalostusuuhille, sekä jalostuspässien ja -uuhien välille. Tutkielmassa arvioitiin myös teholliset populaatiokoot vuosina 2000–2014 syntyneille yksilöille, merkittävimpien esivanhempien vaikutukset perinnölliseen vaihteluun sekä keskimääräiset sukupolvien väliset ajat. Keskimääräiset sukusiitos- ja sukulaisuusasteet ovat pienentyneet viimeisten 20 vuoden aikana. Vuonna 2014 syntyneiden lampaiden keskimääräinen sukusiitosaste oli noin 7 %, kun se korkeimmillaan 1990-luvulla on ollut yli 13 %. Sukulaisuus vuonna 2013 syntyneiden jalostukseen käytettyjen eläinten välillä oli noin 17 %, kun se korkeimmillaan 2000-luvulla on ollut yli 20 %. Myös tehollinen populaatiokoko on kasvanut noin 40 yksilöstä nykyiseen noin 70 yksilöön. Nykyisen kainuunharmaspopulaation perimästä 32 %:a voidaan jäljittää seitsemään 1980-luvulla eläneeseen perustajapässiin: Pertti, Risto, Immo, Lassi, Antti, Matti ja Topi. Näistä Pertillä on ollut suurin vaikutus: vielä vuonna 2014 syntyneiden lampaiden perimästä 11 % arvioitiin olevan Pertin alkuperää. keskimääräinen Sukupolvien välinen aika 20 viimeisen vuoden ajalta oli 3,3 vuotta. Kainuunharmaksen geneettinen monimuotoisuus on parantuntunut viime vuosina eläinmäärän kasvaessa. Sukusiitosasteet ja sukulaistuminen ovat olleet hienoisessa laskussa jo useamman vuoden ja vastaavasti tehollinen populaatiokoko on kasvanut. Populaation geneettisen monimuotoisuuden takaamiseksi tulevaisuudessa kainuunharmaksen jalostuksessa ja säilytystyössä kannattaisi hyödyntää keinosiemennystä, optimaaliseen kontribuutioon perustuvaa jalostusvalintaa sekä genomitietoa.This thesis presents the results of the pedigree based genetic diversity study of the Kainuu Grey sheep. Data, including 22 467 animals born between 1981 and 2014, was received from ProAgria - Rural Advisory Services. Inbreeding coefficients were calculated for all animals. For birth-year averages only animals with sufficient pedigree depth (pedigree completeness value, PEC>0.8 using five generations) were considered. Averages were calculated separately for all breeding animals, breeding rams, and ewes. Average relationships were calculated within breeding rams, within breeding ewes, and between breeding rams and ewes. The thesis presents also estimates of the effective population size for birth-years 2000–2014, the contributions of the most influential ancestors, and average generation intervals. The average inbreeding and relationship coefficients have decreased during the last 20 years. The average inbreeding coefficient of the lambs born in 2014 was around 7 % when it was at its highest in 1990’s over 13 %. Average relationship between breeding animals born in 2013 was 17 % when it was at its highest over 20 % in 2000’s. Also effective population size has increased from 40 to the current figure of 70 animals. 32 % of the genetic variation of the current Kainuu Grey population can be traced back to seven founder rams that lived in 1980’s: Pertti, Risto, Immo, Lassi, Antti, Matti, and Topi. Out of those, Pertti has the most remarkable influence on the breed: around 11 % of the germ plasm of the lambs born in 2014 can be traced back to Pertti. The mean generation interval during last 20 years was 3.3 years. Genetic diversity of the Kainuu Grey has improved during the last years as the number of Kainuu Grey has increased. Inbreeding and relationship coefficients have declined slightly during last few years. Correspondingly, the effective population size has increased. To ensure genetic diversity of the Kainuu Grey in the future, artificial insemination, optimal contribution and genomic information could be utilized in breeding and in conservation work.


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
Maisterintutkielma_Hannele_Rissanen.pdf 556.5Kb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record