Monilinjaus fylogeniapuun ohjaamana

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi-fe201009232512
Title: Monilinjaus fylogeniapuun ohjaamana
Author: Sipilä, Sanna
Other contributor: Helsingin yliopisto, Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta, Tietojenkäsittelytieteen laitos
University of Helsinki, Faculty of Science, Department of Computer Science
Helsingfors universitet, Matematisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för datavetenskap
Publisher: Helsingfors universitet
Date: 2010
Language: fin
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi-fe201009232512
http://hdl.handle.net/10138/21466
Thesis level: master's thesis
Abstract: Suoraviivainen monilinjauksen toteutus vie eksponentiaalisesti aikaa ja muistia. Siksi on kehitetty monia heuristisia menetelmiä. Tässä paperissa keskityn yhteen heurististen monilinjausmenetelmien luokkaan, progressiiviseen fylogeniapuun mukaan etenevään monilinjaukseen. Menetelmä on kehitetty globaaliin linjaukseen, lokaalin linjaamisen puolelta löytyy joitain samansuuntaisia menetelmiä. Olen soveltanut progressiivisen fylogeniapuun ohjaaman monilinjauksen lokaalisti geenien säätelyalueita etsivään EELohjelmaan. Koska selkeästi hyvää tapaa yleistää EELohjelman käyttämä linjauksen pisteytys ei ole, olen toteuttanut progressiiviseen monilinjaukseeni kolme erilaista pisteytystä: parien summa, parilinjauksen pisteytyksestä yleistetty pisteytys sekä edustavia sekvenssejä käyttävä, puun mukainen pisteytys. Monilinjauksen mahdollistama useamman sekvenssin käyttäminen tarkentaa parilinjauksella löydettyjä säätelyalueita ja vahvistaa säilyvien alueiden merkitystä.
Rights: This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
monilinj.pdf 1.546Mb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record