Effects of changes in TIA1 on stress granule formation

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi-fe20180115186
Title: Effects of changes in TIA1 on stress granule formation
Author: Sagath, Lydia
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Biological and Environmental Sciences, Department of Biosciences
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2015
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi-fe20180115186
http://hdl.handle.net/10138/233492
Thesis level: master's thesis
Abstract: Welander Distal Myopathy (WDM) is caused by the p.E384K mutation in the TIA1 gene. The mutation supposedly causes the disease by a gain-of-function mechanism related to the formation of stress granules (Hackman et al. 2013). Also environmental factors have been proposed to affect the development of the disease: an increased number of stress granules has been observed in cells treated with cold shock compared to cells kept in 37 °C (Hofmann et al. 2012). When patients with WDM-like symptoms have been screened for changes in TIA1, an p.N357S-change has been found enriched in these patients. The p.N357S-change has earlier been reported as a polymorphism. The change in question is located in the same prion-like domain in exon 5, in which the p.E384K-mutation also lies. Therefore, the p.N357S-change could affect the predisposition to aggregation. The pro gradu project is divided into two parts: • The effect of the p.N357S polymorphism on stress granule formation in arsenite and possibly other stress treated cells • The effect of cold shock on stress granule formation on wild type and p.E384K TIA1 The results indicate, that the p.N357S change in TIA1 causes a change in the translated protein’s behavior. Similarly to the p.E384K change, the p.N357S change also induces an increased amount of stress granules in arsenite treated cells. However, the results also show that the stress granules recover faster in fluorescence recovery after photobleaching (FRAP) studies p.N357S transfected cells as compared to TIA1 p.E384K and wild type transfected cells. The cold shock experiment indicates that there is a difference in the stress granule formation between cells transfected with p.E384K and wild type TIA1. This supports previously published results of the effect of the p.E384K change on the stress response and stress granule formation, and also the use of cold shock as a stress inducing treatment. Used methods: PCR, transformation, DNA-extraction, cell culture, transfection, induction of stress granule formation by arsenite treatment and cold shock. The cells are cultivated on well plates, imaged and the data is analyzed with an automatized high content image analysis method (the CellInsight-platform). p.N357S cells were also analyzed with FRAP.Welanders distala myopati (WDM) orsakas av mutationen p.E384K i genen TIA1. Mutationen antas vara sjukdomsalstrande på grund av en ökad produktion av protein, som relaterats till formationen av stressgranuler (Hackman et al. 2013). Även omgivningsfaktorer har föreslagits verka i sjukdomens utveckling: en ökad mängd stressgranuler har observerats i celler som behandlats med köldshock jämfört med celler som förvarats i 37°C (Hofmann et al. 2012). I patienter med WDM-liknande symptom som undersökts för förändringar i TIA1 har en p.N357S-förändring noterats förrikad. Denna förändring har tidigare anmälts som en polymorfism. Förändringen i fråga ligger i samma prionliknande domän i exon 5 som WDM-orsakande förändringen p.E384K. Därmed kunde p.N357S-förändringen öka predispositionen till aggregering. Pro gradu –arbetet är uppdelat i två delar: • p.N357S-polymorfismens effekt på stressgranulsbildningen i arsenitbehandle celler • Köldshockens effekt på stressgranulsbildningen Resultaten påvisar, att förändringen p.N357S i TIA1 orsakar en förändring i det translaterade proteinets beteende. I likhet med p.E384K-förändringen orsakar även p.N357S en ökad mängd stressgranuler i arsenitbehandlade celler. Däremot tyder resultaten på att stressgranulerna återbildas snabbare i fluorescence recovery after photobleaching-studier (FRAP) I p.N357S-transfekterade celler än i celler som transfekterats med TIA1 p.E384K och vildtyp. Köldshocksexperimenten tyder på att det finns en viss skillnad mellan bildningen av stressgranuler i celler transfekterade med p.E384K och vildtyps-TIA1. Detta stöder tidigare publicerade resultat om p.E384K-förändringens påverkan på stressresponsen och stressgranulsbildningen, och även köldshock som stressinducerande behandling. Använda metoder: PCR, transformation, DNA-ekstraktion, cellkultur, transfektion, induktion av stressgranulsformation med arsenitbehandling och köldshock. Cellerna kultiveras på brunnsplattor, fotograferas och datat analyseras med en automatiserad High Content biildanalysmetod (CellInsight-platform). p.N357S-celler analyserades även med FRAP.
Discipline: Genetics and molecular biosciences
Rights: This publication is copyrighted. You may download, display and print it for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Julkaisu on tekijänoikeussäännösten alainen. Teosta voi lukea ja tulostaa henkilökohtaista käyttöä varten. Käyttö kaupallisiin tarkoituksiin on kielletty.
Publikationen är skyddad av upphovsrätten. Den får läsas och skrivas ut för personligt bruk. Användning i kommersiellt syfte är förbjuden.


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
effectso.pdf 4.415Mb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record