Assessing the site specificity of cancer-preceding gene expression changes in mouse colon mucosa

Show full item record

Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201903271527
Title: Assessing the site specificity of cancer-preceding gene expression changes in mouse colon mucosa
Author: Nykänen, Sonja
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Biological and Environmental Sciences
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2019
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201903271527
http://hdl.handle.net/10138/300451
Thesis level: master's thesis
Abstract: Paksusuolisyöpään kuolee vuosittain yli puoli miljoonaa ihmistä. Syövän kehitys on yleensä vuosia kestävä monivaiheinen prosessi, johon liittyy sekä geneettisiä että epigeneettisiä muutoksia. Paksusuolisyöpä havaitaan usein vasta taudin myöhäisessä vaiheessa, kun syöpä on jo ehtinyt levitä elimistössä, ja ennuste on suhteellisen huono. Useat tutkimukset viittaavat siihen, että syövän kehitystä edeltävät muutokset tapahtuvat histologisesti normaalissa limakalvossa jo ennen makroskooppisesti havaittavan limakalvon muutoksen ilmaantumista. Solut, joissa nämä muutokset tapahtuvat, saattavat muodostaa limakalvolle syövän kehitykselle altistuneen alue en. Syövälle altistuneen limakalvon tutkiminen voi paljastaa syövän kehitykseen liittyviä aikaisia muutoksia, joita voitaisiin käyttää ns. biomarkkereina osoittamaan kohonnutta syöpäriskiä ja näin ollen myös mahdollisesti estämään syövän kehitys. Tämän tutkielman tarkoitus oli selvittää, osoittaako kuuden kromosomien segregaatioon liittyvien geenien, Bub1, Rad9a, Tpx2, Mlh1, Pms2 ja Mis18a, epänormaali ilmentyminen syövän kehitystä hiiren paksusuolen limakalvolla. Yhteensä neljätoista hiirtä, joista kuudella oli proksimaalisen paksusuolen karsinooma, valittiin tähän tutkimukseen. Geenien ilmentyminen mitattiin histologisesti normaalilta limakalvolta kunkin hiiren proksimaalisesta ja distaalisesta paksusuolesta, jotta saataisiin selville, ovatko mahdollisesti syöpää edeltävät muutokset havaittavissa ainoastaan karsinooman läheisyydessä. Geenien ilmentymistasot mitattiin käyttäen reaaliaikaista käänteistranskriptiopolymeraasiketjureaktiota (RT-qPCR). Karsinooma- ja kontrollihiirten välillä ei havaittu tilastollisesti merkitseviä ilmentymistason eroja, mikä viittaa siihen, että tutkittujen hiirten karsinooman viereisessä histologisesti normaalissa limakalvossa ei ollut syövälle altistavia tutkittujen geenien ilmentymisen muutoksia. Saadut tulokset eriävät aiemmista tutkimustuloksista, joissa näiden kuuden geenin ilmentyminen havaittiin olevan alentunut karsinooman viereisessä limakalvossa. Otoskoko ei oletettavasti ollut tässä tutkimuksessa riittävän suuri paljastamaan tilastollisesti merkitseviä eroja. Vaikka tilastollista merkitsevyyttä ei löytynyt, Bub1- geenin ilmentymistaso vaikutti olevan hieman laskenut karsinooman viereisessä limakalvossa, mikä tukee aiemmin ehdotettua Bub1- geenin muutosten osallisuutta syövän kehitykseen.Colorectal cancer (CRC) kills more than half a million people a year worldwide. Usually the disease develops over several years via multiple steps which involve both genetic and epigenetic alterations. CRC is often diagnosed at late stage, when the cancer has already metastasized, and the prognosis is relatively poor. Several studies suggest that the first changes towards colorectal cancer occur and can be detected in histologically normal tissue before the appearance of any detectable lesion. The precancerous cells harbouring those changes may form a field of tissue, which is predisposed to malignant transformation. The study of pre-cancerous tissue might reveal the earliest changes in CRC development, which can be used as biomarkers for early detection and prevention of CRC. The aim of this thesis was to revise and investigate whether the aberrant expression of the six chromosomal segregation genes, Bub1, Mis18a, Pms2, Rad9a, Tpx2, and Mlh1, would signal carcinogenesis in mouse colon mucosa. Altogether fourteen mice, of which six had a proximal colon carcinoma, were selected for the study. The expression analysis was performed to histologically normal colon mucosa collected from the proximal and distal colon of each mice in order to investigate whether the possible pre-cancerous changes are found exclusively in the close proximity to the carcinoma. The expression was quantified with reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RTqPCR). No statistically significant gene expression differences were found between the carcinoma and control mice, indicating that the studied mice did not display cancer-preceding expression changes of the six studied genes in the carcinoma adjacent histologically normal colon mucosa. The results differed from the previously reported results, where the expressions of the six genes were found to be downregulated in the carcinoma adjacent mucosa. Here, the sample size was presumably not large enough to reveal statistically significant clustering of the expression patterns. However, Bub1 seemed to have a downregulated trend in the carcinoma adjacent mucosa, which supports the previously suggested role of Bub1 alterations in CRC initiation.
Subject: Colorectal cancer, gene expression, RT-qPCR, carcinogenesis


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
Nykänen_Sonja_Pro_Gradu_2019.pdf 1.085Mb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record