Kissan ulosteen viromi

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201904261786
Title: Kissan ulosteen viromi
Author: Järvinen, Salla-Mari
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Veterinary Medicine
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2019
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201904261786
http://hdl.handle.net/10138/301286
Thesis level: master's thesis
Abstract: Kissoilla esiintyy monia ruoansulatuskanavan viruksia. Taudinaiheuttajasta riippuen osa tartunnoista voivat olla täysin oireettomia, mutta myös kuolemaan johtavia tartuntoja esiintyy. Ihmiselle tautiriskin voi aiheuttaa esimerkiksi kissojen rotavirukset. Uuden sukupolven sekvensointimenetelmiä (Next-generation sequencing, NGS) käyttämällä voidaan sekvensoida viruksen koko perimä eli genomi nopeasti yhdellä kerralla. NGS:ää käytettäessä sekvensointi voidaan tehdä ilman ennakkotietoja ja täten löytää myös aiemmin tuntemattomia viruksia. Suomalaisten kissojen virusten esiintyvyydestä ei ole aikaisemmin tehty kattavia tutkimuksia. Työn tavoitteena oli tutkia, mitä viruksia löytyy terveiden ja ripuloivien kissojen ulosteista Suomessa. Tutkimuksessa analysoitiin yhteensä 15 kpl kissojen ulostenäytteitä, joista yhdeksän oli eläinsuojeluyhdistyksen kissaa ja kuusi lemmikkikissaa. Kahdeksalla kissalla oli esiintynyt ruoansulatuskanavan oireita. Työhön kuului nukleiinihappojen eristys kissojen ulosteista. Esikäsittelyn avulla pyrittiin poistamaan ulosteesta bakteerit, jonka jälkeen näytteistä tehtiin kirjasto, joka sekvensoitiin Illumina Miseq-laitteistolla. Data analysoitiin bioinformatiikan avulla, johon kuului muun muassa huonolaatuisten sekvenssien poisto ja yhdistelmäsekvenssien eli contigien koostaminen lyhyistä sekvensseistä. Contigit käännettiin aminohapposekvenssiksi, joille etsittiin vastaavaa sekvenssiä geenipankista. Löydettyjen virusten nimet perustuivat geenipankkisekvenssien nimiin. Näytteistä löydettiin yhteensä kuusi virusta, joista kaksi esiintyi samalla kissalla. Yhdestä näytteestä löydettiin täysi vastaavuus kissan panleukopenia virukseen (FPV). Kissa oli saanut yhden rokotuksen ennen näytteiden keräämistä eikä kissalla ollut minkäänlaisia oireita. Löydetty virus ei ollut täysin identtinen rokotekantojen virusten kanssa, mutta ero ei ollut suuri. Taustalla voi olla luonnollinen tartunta tai esimerkiksi heikentyneen immuunivasteen aiheuttama rokotekannan pitkäaikainen replikoituminen. Yhdestä näytteestä löydettiin circovirukseen vastaavaa sekvenssiä ja lisäksi tunnistamaton virus, jonka sekvenssi vastasi myös circovirusta. Circovirusten tiedetään aiheuttavan ruoansulatuskanavaoireita, mutta kissoilta ei ole aiemmin todettu tartuntoja. Löydetty virus voi olla aiemmin tunnistamaton kissojen oma circovirus, mutta lisätutkimuksia tulisi tehdä asian varmentamiseksi. Viruksen yhteys ripuliin on myös epäselvä. Muut löydetyt virukset olivat todennäköisesti peräisin ruoasta tai esimerkiksi RNA-eristyskolumnista. Ulosteista löytyneiden virusten määrä oli pieni eikä suuria johtopäätöksiä pystytä tekemään näytteiden vähäisen lukumäärän vuoksi. Kuitenkin ulkomailla tehdyissä ulosteen viromia selvittävissä tutkimuksissa vastaavilla kissamäärillä on löydetty huomattavasti enemmän viruksia kuin tässä tutkimuksessa. Tulevaisuudessa suuremmalla kissamäärällä tehty tutkimus vertaillen eroavaisuuksia maantieteellisesti sekä sisä- ja ulkokissojen välillä, antaisi luotettavampaa dataa Suomen tilanteesta. NGS:n käyttäminen ulosteen viromin selvittämiseksi vaikuttaisi olevan käyttökelpoinen tutkimusmenetelmä.
Subject: uuden sukupolven sekvensointi
NGS
uloste
kissa
viromi
metagenomiikka


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
Järvinen SallaMari Kissan ulosteen viromi.pdf 486.2Kb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record