'Candidatus Liberibacter solanacearum' i morot och palsternacka från Egentliga Finland, Satakunda och Södra Savolax

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202003031486
Title: 'Candidatus Liberibacter solanacearum' i morot och palsternacka från Egentliga Finland, Satakunda och Södra Savolax
Author: Wickström, Annika
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry, Department of Agricultural Sciences
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2020
Language: swe
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202003031486
http://hdl.handle.net/10138/312855
Thesis level: master's thesis
Discipline: Kasvintuotantotieteet
Plant Production Science
Växtproduktionsvetenskap
Abstract: 'Candidatus Liberibacter solanacearum' (CLso) is a frequent bacterium in carrot in southern and western Finland but is also occurring in South Savonia. The bacterium is unculturable, lives as a parasite and multiplies in the phloem vessels and is transmitted by the carrot psyllid Trioza apicalis. In Spain, France and Finland the bacterium has also been found in parsnip. The aim of this thesis was to study the occurrence and genetic variation of this bacterium in carrot and parsnip in Satakunda, Southwest Finland and South Savonia from such parsnip and carrot fields where psyllids and discolouration symptoms in foliage have been detected. All the samples were collected based on foliar discolouration symptoms. Four wild plants from the family Polygonaceae were collected from one carrot field and one parsnip field in Satakunda. These plants showed similar foliar discolouration as the carrots. Other criteria for collecting the carrot samples was based on occurrence of psyllids and leaf curling. Samples of parsnips were collected from vegetable farms, where parsnips were grown nearby the carrot fields and where psyllids had been detected. The samples were analysed by real-time PCR with primer combination specific to CLso. Those samples that had high amounts of bacteria were chosen for sequencing and detection of haplotype. CLso was detected in 62,9 % of the carrot samples, in 90,8 % of the parsnip foliage samples and in 76,9 % of the parsnip root samples and in all the samples of symptomatic wild plants. Based on the ftsZ gene sequence, a new haplotype of CLso, named haplotype H, was identified in three of the parsnip samples from Satakunda and in two samples of pale persicaria (Persicaria lapathifolia (L.) Gray). This is the ninth haplotype of CLso identified.'Candidatus Liberibacter solanacearum' (CLso) är en allmän bakterie i morot i södra och västra Finland, men förekommer även i Savolax. Bakterien är en obligat parasit som lever och förökar sig i växtens floem och sprids med bladloppan Trioza apicalis. I Spanien, Frankrike och Finland har CLso även påvisats i palsternacka. Målet med denna avhandling var att undersöka bakteriens förekomst och genetiska mångfald i morot och palsternacka i Satakunda, Egentliga Finland och Södra Savolax från sådana palsternacka- och morotsodlingar där missfärgning i blad och morotsbladloppor har upptäckts. Alla proven insamlades på basis av symptom på bladmissfärgning. Från ett morotsfält och ett palsternackafält i Satakunda insamlades fyra vilda växter från familjen Polygonaceae. Växterna uppvisade liknande symptom på missfärgning i bladen som morötterna. Ytterligare insamlingskriterier för morotsproven var förekomsten av bladloppor och bladkrusighet. Prov av palsternacka insamlades från gårdar där morot odlades på närliggande skiften och där man hade upptäckt morotsbladloppor. Proven analyseras med realtids-PCR med en startsekvens kombination, som är specifik för CLso. Proven med hög bakterietiter valdes ut för sekvensering och bestämning av haplotyp. CLso bekräftades i 62,9 % av de undersökta morotsproven, i 90,8 % av palsternacka blastproven och i 76,9 % av palsternacka rotproven. CLso bekräftades också i alla prov av de insamlade vilda växterna. På basis av ftsZ gensekvens upptäcktes en ny haplotyp av CLso i tre palsternacka prov och två prov av pilört (Persicaria lapathifolia (L.) Gray). Den nya haplotypen har fått namnet haplotyp H. Denna haplotyp är den nionde av alla för tillfället bekräftade haplotyper av CLso.
Subject: 'Candidatus Liberibacter solanacearum'
morot
palsternacka
bladloppa
Trioza apicalis


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
Wickström_Annika_Pro_gradu_2020.pdf 2.087Mb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record