Characterization of microbiological quality of Baltic herring

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202009034029
Title: Characterization of microbiological quality of Baltic herring
Author: Huotari, Jaana
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2020
Language: eng
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202009034029
http://hdl.handle.net/10138/319039
Thesis level: master's thesis
Degree program: Mikrobiologian ja mikrobibiotekniikan maisteriohjelma
Master's Programme in Microbiology and Microbial Biotechnology
Magisterprogrammet i mikrobiologi och mikrobibioteknik
Specialisation: ei opintosuuntaa
no specialization
ingen studieinriktning
Abstract: Tämän tutkimuksen tavoitteena oli tarkastella kokonaisen ja peratun Itämeren silakan mikrobiologista laatua eri vuodenaikoina. Tutkimuksessa käytettiin perinteisiä viljelypohjaisia menetelmiä, joissa bakteeri-isolaatit tunnistettiin MALDI-TOF MS -menetelmällä. Lisäksi silakan mikrobiomia kartoitettiin 16S rRNA -geenin kohdennetulla sekvensoinnilla. Bakteerimäärät olivat hyväksyttävissä rajoissa kaikkina vuodenaikoina lukuun ottamatta H2S:ä tuottavia bakteereja, joiden määrä ylitti suositetun 5 log10 pmy g-1:n raja-arvon kahdessa tutkitussa näyte-erässä. Sekä viljelypohjaisilla menetelmillä että 16S rRNA -geenin kohdennetulla sekvensoinnilla havaittiin, että kokonaisen ja peratun silakan mikrobiomi koostui suurelta osin gammaproteobakteereista. Shewanella, Pseudomonas ja Aeromonas olivat yleisimmät MALDI-TOF MS -menetelmällä tunnistetut bakteerisuvut, kun taas 16S rRNA -geenin kohdennetulla sekvensoinnilla Shewanella ja Psychrobacter olivat suhteellisesti eniten edustettuina. Suurimpia mikrobien pääjaksoja olivat lisäksi firmikuutit ja aktinobakteerit, ja osassa näytteistä myös Epsilonbacteriaeota, jossa yleisin bakteerisuku oli Arcobacter. Tässä tutkimuksessa havaittujen silakkaerien mikrobiologisen laadun vaihtelun ei voitu katsoa johtuvan vuodenajasta. Siksi tutkimuksen jatkoksi ehdotettiin pidempää tarkastelujaksoa, jossa otettaisiin huomioon mahdollisesti silakan laatuun vaikuttavat ympäristötekijät, kuten kalastuspaikka ja veden laatu.This study aimed to investigate the microbiological quality of the whole and gutted Baltic herring at different seasons by traditional culture-dependent methods combined with the identification of bacterial isolates by MALDI-TOF MS. Additionally, the microbiome of the herring was characterized by culture-independent 16S rRNA gene amplicon sequencing. Bacterial counts were within acceptable limits at all seasons although the H2S-producing bacteria levels were above the recommended level of 5 log10 CFU g-1 at two sampling points. With the culture-dependent methods and the sequencing of the 16S rRNA gene, the microbiome of the whole and gutted herring was dominated by the bacterial class Gammaproteobacteria. Shewanella, Pseudomonas, and Aeromonas were the most frequently isolated genera among the viable population identified with MALDI-TOF MS. With the culture-independent approach, Shewanella followed by Psychrobacter were the most abundant genera. Additionally, a high relative abundance of the phyla Firmicutes and Actinobacteria and, in some samples, Epsilonbacteriaeota represented by the genus Arcobacter, was detected. Variances in the microbiological quality of different herring batches observed in this study could not be attributed to the season. Therefore future research through a longer period was proposed, including data on the environmental factors, such as the fishing location and the water quality, possibly affecting the quality of the herring.
Subject: MALDI-TOF MS
16S rRNA gene amplicon sequencing
Baltic herring
Clupea harengus
fish quality
gutting


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
Huotari_Jaana_pro_gradu_2020.pdf 8.181Kb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record