The isolation of bacteriophages from Beninese water samples against clinical Acinetobacter baumannii strains

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202103031599
Title: The isolation of bacteriophages from Beninese water samples against clinical Acinetobacter baumannii strains
Alternative title: Bakteriofagien eristäminen Beniniläisistä vesinäytteistä kliinisiä Acinetobacter baumannii kantoja vastaan
Author: Kolsi, Anna
Other contributor: Helsingin yliopisto, Maatalous-metsätieteellinen tiedekunta
University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry
Helsingfors universitet, Agrikultur- och forstvetenskapliga fakulteten
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2020
Language: eng
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202103031599
http://hdl.handle.net/10138/327416
Thesis level: master's thesis
Degree program: Mikrobiologian ja mikrobibiotekniikan maisteriohjelma
Master's Programme in Microbiology and Microbial Biotechnology
Magisterprogrammet i mikrobiologi och mikrobibioteknik
Specialisation: ei opintosuuntaa
no specialization
ingen studieinriktning
Abstract: Tämän tutkielman tavoitteena oli eristää ja karakterisoida faageja Beniniläisitä jätevesinäytteistä kliinisiä Acinetobacter baumannii -kantoja vastaan käytettäväksi faagihoidoissa. A. baumannii on yksi vakavimmista sairaalabakteereista, koska suurin osa kannoista on resistenttejä kaikille yleisesti käytetyille antibiooteille. Yksi lupaavista vaihtoehtoisista hoitomenetelmistä on faagihoito, joka hyödyntää lyyttisiä faageja tiettyjen bakteerien hävittämiseksi. Tässä tutkielmassa eristettiin seitsemän faagia, jotka infektoivat kliinisiä A. baumannii -kantoja. Kaksi faageista karakterisoitiin tarkemmin. Faagit vB_AbaA_fBenAci001 (fBen-Aci001) ja vB_Aba_fBenAci002 (fBen-Aci002) kuuluivat Autographiviridae -heimoon ja Friunavirus-sukuun. Tähän mennessä tutkituista faageista ne olivat ainoat oman lajinsa edustajat. Genomianalyysin mukaan faagit ovat keskenään 82,2 % identtisiä. Faageista ei tunnistettu lysogeeniseen elinkiertoon viittaavia geenejä. Myöskään bakteeritoksiineja tai antibioottiresistenssiä koodaavia geenejä ei löydetty. Faagi fBen-Aci001 infektoi 4 % ja fBen-Aci002 infektoi 9 % testatuista 23 kliinisestä A. baumannii -kannasta. Koko genomin sekvenssin perusteella rakennettua fylogeneettistä puuta verrattiin puihin, jotka tehtiin käyttämällä häntäpiikkiproteiineja ja kapsidiproteiineja. Korrelaatiota koko genomin laajuisen puun ja yksittäisten geenien perusteella rakennettujen puiden välillä ei havaittu. Beniniläinen jätevesi vaikutti olevan hyvä lähde A. baumannii -faageille, koska siitä voitiin eristää useita faageja. Lisäksi eristetyt faagit infektoivat suomalaisista potilaista eristettyjä kliinisiä monilääkeresistenttejä kantoja. Faagit fBen-Aci001 ja fBen-Aci002 olivat lupaavia ehdokkaita faagihoidoissa käytettäväksi, mutta kapea isäntäkirjo voi vaikeuttaa niiden käyttöä.The objective of this thesis was to isolate and characterized phages from Beninese wastewater samples against clinical Acinetobacter baumannii strains for phage therapy use. A. baumannii is one of the most threatening nosocomial bacteria because most of the strains are resistant towards all commonly used antibiotics. One promising alternative treatment method could be phage therapy that utilizes lytic phages to dispose of specific bacteria. In this thesis, seven phages infecting clinical A. baumannii strains were isolated and two of them were characterized more in detail. Phages vB_AbaA_fBenAci001 (fBen-Aci001) and vB_Aba_fBenAci002 (fBen-Aci002) were members of the Friunavirus genus of the Autographiviridae family. In addition, they were the only phages characterised from their respective species to date. The genome analysis revealed 82.2% identity between the phages. No genes indicating lysogenic lifecycle, or genes encoding bacterial toxins or antibiotic resistance were identified from either of them. Phage fBen-Aci001 were infecting 4% and fBen-Aci002 were infecting 9% of tested 23 clinical A. baumannii isolates. Phylogenetic tree which was constructed based on whole genome sequences was compared to the trees that were made using tailspike proteins and capsid proteins. No correlation between genome-wide tree and trees built based on single genes were seen. In conclusion, the Beninese hospital wastewater appeared to be a good source for A. baumannii phages, as several phages were isolated and they were infecting clinical multidrug resistant strains isolated from Finnish patients. Phages fBen-Aci001 and fBen-Aci002 were concluded to be potential candidates to be used in the phage therapy though the narrow host range might negatively affect their usability.
Subject: Acinetobacter baumannii
bacteriophage
phage
phage therapy
antibiotic resistance
nosocomial infection
Friunavirus
vB_AbaA_fBenAci001
vB_AbaA_fBenAci002
bakteriofagit
faagit
faagihoito
antibioottiresistenssi
sairaalainfektio


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
Kolsi_Anna_Master's_thesis_2020.pdf 860.0Kb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record