Depletion of Mammalian Signal Recognition Particle’s SRP72 and SRP68 Subunits by Using an Auxin-inducible Degron System

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202106303252
Title: Depletion of Mammalian Signal Recognition Particle’s SRP72 and SRP68 Subunits by Using an Auxin-inducible Degron System
Alternative title: Signaalintunnistuspartikkelin SRP68- ja SRP72-alayksiköiden hajottaminen käyttämällä auksiinilla indusoituvaa degron -systeemiä
Author: Silfvast, Josetta
Other contributor: Helsingin yliopisto, Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta
University of Helsinki, Faculty of Biological and Environmental Sciences
Helsingfors universitet, Bio- och miljövetenskapliga fakulteten
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2021
Language: eng
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202106303252
http://hdl.handle.net/10138/331995
Thesis level: master's thesis
Degree program: Genetiikan ja molekulaaristen biotieteiden maisteriohjelma
Master's Programme in Genetics and Molecular Biosciences
Magisterprogrammet i genetik och molekylära biovetenskaper
Specialisation: Biokemia ja rakennebiologia
Biochemistry and Structural biology
Biokemi och strukturbiologi
Abstract: Signaalintunnistuspartikkeli (SRP) kohdentaa syntetisoitavia eritys- ja kalvoproteiineja sytosolista solulimakalvoston pinnalla sijaitsevaan translokonikompleksiin. Tämä erittäin spesifinen kotranslationaalinen proteiinien kohdentaminen estää proteiinien kertymisen sytosoliin ja proteiinien väärin kohdentamisen, mikä on välttämätöntä proteostaasin ylläpitämiseksi. Häiriöt nisäkässolun SRP-kompleksin SRP68- ja SRP72-alayksiköissä on yhdistetty tulehduksellisiin lihassairauksiin, kuten myopatiaan ja myosiittiin. Näiden alayksiköiden täydellistä roolia proteiinien kohdentamisessa ja kohdentamisen säätelyssä ei kuitenkaan tiedetä. Aikaisemmin hiivan SRP72-alayksikkö on hajotettu käyttämällä auksiinilla indusoituvaa degron (AID) -tekniikkaa, minkä avulla on voitu tutkia alayksikön poiston vaikutusta proteiinien kohdentamiseen ja solujen elinkykyyn. Nisäkässolujen SRP72-AID-systeemiä ei ole kuitenkaan vielä tutkittu. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli hajottaa nisäkässolun SRP68- ja SRP72-alayksiköt hyödyntämällä AID-tekniikkaa. Tutkimus paljasti, että noin 65 % SRP68-AID-alayksiköistä hajoaa kahdessa tunnissa. Vastaavasti 75 % SRP72-AID-alayksiköstä hajoaa kahden tunnin aikana ja 85 % neljän tunnin aikana. Täydellistä alayksiköiden ehtymistä ei kuitenkaan saavutettu 24 tunnin auksiinikäsittelyn aikana. Käsittely myös osoitti, että suurin osa hajoamisesta ilmenee ensimmäisen kahden tunnin aikana. Tutkimus vahvisti, että nisäkässolujen SRP-alayksiköt voidaan hajottaa AID-tekniikalla tarjoten hyvän perustan tulevalle tutkimukselle tutkittaessa alayksiköiden puuttumisen vaikutusta proteiinien kohdentamiseen. Tämä voi auttaa selvittämään viallisiin SRP68- ja SRP72-alayksiköihin liitettyjen sairauksien syntymekanismeja ja kehittämään hoitokeinoja niihin.The signal recognition particle (SRP) targets newly synthesized secretory and membrane proteins from the cytosol to the translocon complex on the endoplasmic reticulum membrane. This highly specific co-translational protein targeting is essential for proteostasis by preventing the accumulation of proteins in the cytosol and the mistargeting of proteins. Defects in the SRP68 and SRP72 subunits of eukaryotic SRP have been linked to various inflammatory muscle diseases such as myopathy and myositis. The full role of these subunits in protein targeting and regulation of targeting is unknown. Previously the yeast SRP72 subunit has been degraded using an auxin-inducible degron (AID) system to explore the effect of depletion on protein targeting and cell viability, but the mammalian SRP72-AID has not yet been studied. The aim of this study was to deplete the mammalian SRP68 and SRP72 subunits using the AID system. This study revealed that in the case of SRP68-AID, approximately 65% of the protein is degraded after 2 hours. Respectively, 75% of SRP72-AID degrades after 2 hours and 85% after 4 hours. However, complete depletion of subunits was not achieved during 24 hours of auxin treatment. Quantification of depletion also showed that the strongest decrease in SRP occurs during the first 2 hours. This study demonstrated that mammalian SRP subunits can be depleted using the AID system, providing a good basis for further research to examine the effect of subunit depletion on protein targeting. This may help to solve the mechanisms of diseases associated with SRP68 and SRP72 defects and to develop therapeutics for them.
Subject: signal recognition particle
SRP
SRP68
SRP72
auxin-inducible degron
AID


Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record