Bacterial Genomic Epidemiology with Mixed Samples

Näytä kaikki kuvailutiedot



Pysyväisosoite

http://hdl.handle.net/10138/336390

Lähdeviite

Mäklin , T , Kallonen , T , Alanko , J , Samuelsen , Ø , Hegstad , K , Mäkinen , V , Corander , J , Heinz , E & Honkela , A 2021 , ' Bacterial Genomic Epidemiology with Mixed Samples ' , Microbial Genomics , vol. 7 , no. 11 , 000691 . https://doi.org/10.1099/mgen.0.000691

Julkaisun nimi: Bacterial Genomic Epidemiology with Mixed Samples
Tekijä: Mäklin, Tommi; Kallonen, Teemu; Alanko, Jarno; Samuelsen, Ørjan; Hegstad, Kristin; Mäkinen, Veli; Corander, Jukka; Heinz, Eva; Honkela, Antti
Tekijän organisaatio: Department of Mathematics and Statistics
Department of Computer Science
Päiväys: 2021-11-15
Kieli: eng
Sivumäärä: 18
Kuuluu julkaisusarjaan: Microbial Genomics
ISSN: 2057-5858
DOI-tunniste: https://doi.org/10.1099/mgen.0.000691
URI: http://hdl.handle.net/10138/336390
Tiivistelmä: Genomic epidemiology is a tool for tracing transmission of pathogens based on whole-genome sequencing. We introduce the mGEMS pipeline for genomic epidemiology with plate sweeps representing mixed samples of a target pathogen, opening the possibility to sequence all colonies on selective plates with a single DNA extraction and sequencing step. The pipeline includes the novel mGEMS read binner for probabilistic assignments of sequencing reads, and the scalable pseudoaligner Themisto. We demonstrate the effectiveness of our approach using closely related samples in a nosocomial setting, obtaining results that are comparable to those based on single-colony picks. Our results lend firm support to more widespread consideration of genomic epidemiology with mixed infection samples.
Avainsanat: ALGORITHM
CULTURE
DIVERSITY
EMERGENCE
ESCHERICHIA-COLI
METAGENOMICS
POPULATION-STRUCTURE
R PACKAGE
SINGLE-CELL
STRATEGIES
genomic epidemiology
pathogen surveillance
plate sweeps
probabilistic modelling
pseudoalignment
11832 Microbiology and virology
1184 Genetics, developmental biology, physiology
Vertaisarvioitu: Kyllä
Tekijänoikeustiedot: cc_by
Pääsyrajoitteet: openAccess
Rinnakkaistallennettu versio: publishedVersion


Tiedostot

Latausmäärä yhteensä: Ladataan...

Tiedosto(t) Koko Formaatti Näytä
bacterial.pdf 7.061MB PDF Avaa tiedosto

Viite kuuluu kokoelmiin:

Näytä kaikki kuvailutiedot