Suomenkarjan genomiarvostelu

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202203041399
Title: Suomenkarjan genomiarvostelu
Alternative title: Genetic evaluation of Finncattle
Author: Siltala, Enni
Other contributor: Helsingin yliopisto, Maatalous-metsätieteellinen tiedekunta
University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry
Helsingfors universitet, Agrikultur- och forstvetenskapliga fakulteten
Publisher: Helsingin yliopisto
Date: 2021
Language: fin
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-202203041399
http://hdl.handle.net/10138/341268
Thesis level: master's thesis
Degree program: Maataloustieteiden maisteriohjelma
Master 's Programme in Agricultural Sciences
Magisterprogrammet i lantbruksvetenskaper
Specialisation: Kotieläintiede
Animal science
Husdjursvetenskap
Abstract: Genomiarvostelun myötä lypsykarjan jalostus on muuttunut. Jalostusarvoja voidaan ennustaa jo nuorille eläimille, joilla ei ole vielä havaintoja tai jälkeläisiä. Luotettavien genomisten arvojen saaminen kuitenkin vaatii suuren referenssipopulaation, jonka hankkiminen harvinaisemmilla roduilla, kuten suomenkarjalla, on vaativaa. Pienessä populaatiossa genomiarvostelu voi johtaa tuloksiin, joiden luotettavuus on matala. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli selvittää parantaako genomitiedon lisääminen arvosteluun jalostusarvojen arvosteluvarmuutta länsisuomenkarjalla (LSK). Tutkittavana ominaisuutena tutkimuksessa oli ensimmäisen lypsykauden 305 päivän energiakorjattu maitotuotos, jonka havainnot oli korjattu ympäristötekijöiden ratkaisun suhteen. Tuotosaineistossa oli havainnot 26 258 suomenkarjalehmälle ja genomiaineistona oli 728 LSK-yksilön imputoidut genotyyppitiedot. Eläimille laskettiin perinteiset jalostusarvojen ennusteet (EBV) käyttäen yhden ominaisuuden BLUP-eläinmallia ja genomiset jalostusarvojen ennusteet (GEBV) käyttäen yhden ominaisuuden genomista ssGBLUP-eläinmallia. Tulokset standardoitiin ja niille tehtiin validaatio. Tutkimuksessa havaittiin, että LSK:n maitotuotos oli korkeampi kuin muiden suomenkarjarotujen ja tuotos oli tasaisessa nousussa. Myös LSK-lehmien geneettinen trendi oli nousussa. LSK-sonnien jalostusarvojen ennusteet olivat LSK-lehmien jalostusarvojen ennusteita matalammat ja geneettinen trendi epätasaisempi johtuen sonnien pienestä määrästä tutkimuksessa. Myös EBV:n ja GEBV:n välinen korrelaatio oli sonneilla matalampi kuin lehmillä. Vanhemmilla eläimillä korrelaatiot olivat korkeampia kuin nuoremmilla yksilöillä. Lehmillä, joilla oli aineistossa oma havainto, korrelaatio oli korkeampi kuin lehmillä, joilla ei ollut havaintotietoa. Lisäksi ei-genotyypitetyillä eläimillä korrelaatiot olivat korkeampia kuin genotyypitetyillä. Genotyypitetyillä sonneilla korrelaatio nousi jälkeläisten määrän kasvaessa. Validaatiossa genomitiedon lisääminen arvosteluun paransi arvojen luotettavuutta. LSK:n pienestä populaatiosta huolimatta genomiaineiston mukaan ottaminen jalostusarvojen ennustamiseen voisi parantaa arvostelun luotettavuutta. Kasvattamalla referenssipopulaatiota tätä luotettavuutta voidaan parantaa entisestään. Rajoitetun LSK-sonnipopulaation takia sonneista saadut tulokset eivät tutkimuksessa olleet riittävän luotettavia ja genomiaineiston kerääminen sonneilta voi osoittautua haastavaksi. LSK:n genomiarvostelussa voitaisiinkin siis keskittyä lehmien genotyypitykseen ja niiden geneettiseen edistämiseen.The breeding of dairy cattle has changed due to genomic evaluation. Breeding values can be evaluated for young animals who don’t yet have phenotypic data or offspring. However, achieving a high reliability for genomic breeding values requires a large reference population. In the case of rarer breeds, such as Finncattle, acquiring a large reference population can be difficult. In a small population genomic evaluation can thus lead to results with poor reliabilities. The aim of this study was to find out if adding genomic data to the breeding evaluation of Western Finncattle would increase the reliability of the breeding values. The phenotype used in this study was the energy corrected 305-day milk yield of the first lactation and the observations were fixed to the environment factors. Phenotypic data had observations for 26 258 Finncattle cows. Genomic data had the imputed genotypes of 728 Western Finncattle. Estimated breeding values (EBV) were obtained using a single trait BLUP-animal model and genomic estimated breeding values (GEBV) were obtained using a single trait genomic ssGBLUP animal model. The results were standardised, and a validation was carried out. The milk yield of Western Finncattle was better than the yield of the other Finncattle breeds and the yield had also steadily increased. Likewise, the genetic trend of Western Finncattle had been increasing. The breeding values of bulls were lower than those of the cows and the genetic trend of bulls was uneven due to the small number of bulls in the study. In addition, the correlation between EBV and GEBV was lower in bulls than in cows. The correlations were higher in older animals than in younger ones. Cows with an observation had a higher correlation than those without an observation. Similarly, the non-genotyped animals had higher correlations than the genotyped individuals. For genotyped bulls, the correlation increased with the number of offspring. The addition of genomic data to the evaluation increased the reliability of the values in the validation. Despite the small population of Western Finncattle, the reliability of breeding values can be increased by adding genomic data to the evaluation. This reliability can be further increased by increasing the size of the reference population. The limited number of bulls in the population of Western Finncattle resulted in unreliable results in this study and acquiring enough genomic data from bulls can prove to be difficult. Therefore, it could be reasonable to focus on cows in the genomic evaluation of Western Finncattle
Subject: Genomivalinta. ssGBLUP
suomenkarja
länsisuomenkarja
LSK


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
Siltala_Enni_Suomenkarjan genomiarvostelu_2021.pdf 819.1Kb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record