Yliopiston etusivulle Suomeksi På svenska In English Helsingin yliopisto

Suomen yorkshire-sikojen hedelmällisyysominaisuuksien genominen analyysi SNP-markkereiden avulla

Show full item record

Files in this item

Files Description Size Format View/Open
Gradu_Sini_Wallén.pdf 916.4Kb PDF View/Open
Use this URL to link or cite this item: http://hdl.handle.net/10138/36980
Vie RefWorksiin
Title: Suomen yorkshire-sikojen hedelmällisyysominaisuuksien genominen analyysi SNP-markkereiden avulla
Author: Wallén, Sini
Contributor: Helsingin yliopisto, Maatalous-metsätieteellinen tiedekunta, Maataloustieteiden laitos
Thesis level:
Abstract: Hedelmällisyysominaisuuksien alhaisen periytymisasteen vuoksi näiden ominaisuuksien parantaminen perinteisen jalostusvalinnan avulla on osoittautunut haasteelliseksi, eikä niiden perinnöllinen edistyminen ole täysin vastannut odotuksia myöskään Suomessa. Yksi mahdollisuus hedelmällisyysominaisuuksien perinnöllisen edistymisen nopeuttamiseen on käyttää geenimerkkejä. Assosiaatioanalyysin tuloksena löydetään ne geenimerkit, joilla on tilastollisesti merkitsevä vaikutus tutkittavan ominaisuuden suhteen. Tutkimuksen tavoitteena oli löytää yorkshire-sioilla ne kromosomialueet, jotka ovat yhteydessä sian hedelmällisyysominaisuuksiin. Tarkoituksena oli myös selvittää, ovatko yorkshire-sioista löydetyt kromosomialueet yhteydessä samoihin hedelmällisyysominaisuuksiin aiemmin maatiaissioilta löydettyihin alueisiin. Lisäksi tutkimuksessa pyrittiin löytämään tilastollisesti merkitsevien SNP-markkereiden lähellä sijaitsevia geenejä. Tutkimuksessa tarkasteltiin yhdeksää naarashedelmällisyyden ominaisuutta, jotka olivat syntyneiden porsaiden lukumäärä ensimmäisessä ja myöhemmissä pahnueissa, kuolleina syntyneiden porsaiden lukumäärä ensimmäisessä ja myöhemmissä pahnueissa, porsaskuolleisuus syntymästä vieroitukseen ensimmäisessä ja myöhemmissä pahnueissa, emakon ikä ensimmäisellä porsimisella sekä ensimmäinen ja toinen porsimisväli. Ominaisuuksien ja SNP-markkerien välisen assosiaation selvittämiseen käytettiin lineaarista sekamallia, joka sisälsi kiinteän SNP-vaikutuksen ja satunnaisen polygeenisen vaikutuksen. Assosiaatioanalyysi tehtiin AI-REML-menetelmällä, lisäksi tutkimuksessa käytettiin deregressoituja EBV:eitä ja painokertoimia. Tilastollisen merkitsevyystason selvittämisessä käytettiin Bonferronin korjausta. Tutkimuksessa löydettiin 20 sian hedelmällisyysominaisuuksiin vaikuttavaa tilastollisesti merkitsevää (P-arvo ≤ 2,0E-06) kromosomialuetta. Näistä markkereista yksi (krom. 7) liittyi syntyneiden porsaiden lukumäärään ensimmäisessä pahnueessa (P-arvo = 8,39E-08), kaksi (krom. 7 ja 1) syntyneiden porsaiden lukumäärään myöhemmissä pahnueissa (P-arvot = 2,77E-07 ja 1,91E-06), yksi (krom. 8) ensimmäisessä pahnueessa kuolleina syntyneiden porsaiden lukumäärään (P-arvo = 9,72E-08), kolme (krom. 13) ensimmäisen pahnueen syntymän ja vieroituksen väliseen porsaskuolleisuuteen (P-arvo = 2,12E-07 ja kahdella jälkimmäisellä molemmilla 7,01E-07), 11 (krom. 7) emakon ikään ensimmäisellä porsimisella (P-arvot 1,74E-06 ja 3,89E-08 välillä) ja kaksi (krom. 7) toiseen porsimisväliin (molemmilla P-arvot 4,03E-07). Tutkimuksessa löydettiin myös suuntaa antavia (P-arvo ≤ 4,0E-06) alueita kromosomeista 1 ja 8. Nämä kromosomialueet vaikuttavat myöhempien pahnueiden pahnuekokoon ja kuolleena syntyneiden porsaiden lukumäärään ensimmäisessä pahnueessa. Jos tässä tutkimuksessa löydetyt kromosomialueet saadaan varmistettua, voidaan näitä SNP-markkereita hyödyntää merkkiavusteisen valinnan avulla kansallisessa jalostusohjelmassa. MAS:n avulla sikoja voidaan alkaa valita hedelmällisyysominaisuuksien kannalta suotuisien SNP-markkereiden suhteen ja pidemmällä tähtäimellä hedelmällisyysominaisuuksien geneettinen edistyminen alkaa nopeutua. Laajempien populaatiotutkimusten avulla voidaan myös selvittää, mitkä geenit vaikuttavat hedelmällisyysominaisuuksiin ja millaiset niiden geenivaikutukset ovat.It has been challenging to genetically improve reproduction traits with the resources of the conventional breeding because of the low heritability of these traits. In Finland genetic improvement of the reproduction traits hasn’t either meet the expectations entirely. Gene markers are one possibility to make genetic improvement of the reproduction traits more effective. With an association analysis it is possible to find those gene markers which have statistically significant effect on the trait.
The purpose of this study was to identify SNP markers associated with reproduction traits in the Finnish Yorkshire pig breed. Other purpose of this study was to find out if both Finnish pig breeds have certain chromosomal regions associated with same reproduction traits. In this study one goal was also to discover genes which are placed near statistically significant SNP markers.
Under this study were nine female reproduction traits which are total number of piglets born in first and later parities, number of stillborn piglets in first and later parities, piglet mortality between birth and weaning in first and later parities, age at first farrowing, first farrowing interval and second farrowing interval.
Prior to SNP association analysis, unstandardized EBVs were deregressed and corresponding weights were calculated. The association between SNP markers and deregressed EBV was studied using a mixed linear model, for each SNP separately. The model included a fixed SNP effect and a random polygenic effect. The analyses were performed using the AI-REML method. Statistical significance of the associations was based on Bonferroni-corrected P-values. In this study 20 statistically significant (P-value ≤ 2,0E-06) associations on the reproduction traits were observed. One of these SNP markers (P-value = 8,39E-08, on chromosome 7) is associated in total number of piglets born in first parity, two markers (P-values = 2,77E-07 and 1,91E-06, on chromosomes 7 and 1) in total number of piglets born in later parities, one marker (P-value = 9,72E-08, on chromosome 8) in number of stillborn piglets in first parity, three markers (P-value = 2,12E-07 and next two P-value was 7,01E-07, on chromosome 13) in piglet mortality between birth and weaning in first parity, 11 markers (P-values between 1,74E-06 and 3,89E-08, on chromosome 7) in age at first farrowing and two markers (P-values = 4,03E-07, on chromosome 7) in second farrowing interval. In this study statistically suggestive (P-value ≤ 4,0E-06) associations were also observed on chromosomes 1 and 8. These are associated in total number of piglets born in later parities and number of stillborn piglets in first parity.
If these chromosomal regions found in this study are confirmed, these SNP markers will be valuable in the national breeding program through their use in marker-assisted selection. With MAS it’s possible to select pigs which have favourable SNP markers as for reproduction traits. In the long run genetic improvement of the reproduction traits is going to accelerate. There is still need of more extensive population analysis in order to discover genes associated reproduction traits and to estimate those gene effects.
URI: http://hdl.handle.net/10138/36980
Date: 2012-10-01
Access limitations:
This item appears in the following Collection(s)

Show full item record

Search Helda


Advanced Search

Browse

My Account