Proteiinivuorovaikutukset RNA-hiljennystä ylläpitävien proteiinien ja virusten RNA-hiljennyksenestäjien välillä

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201507212079
Title: Proteiinivuorovaikutukset RNA-hiljennystä ylläpitävien proteiinien ja virusten RNA-hiljennyksenestäjien välillä
Author: Streng, Janne
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Agriculture and Forestry, Department of Agricultural Sciences
Publisher: Helsingfors universitet
Date: 2013
Language: fin
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi:hulib-201507212079
http://hdl.handle.net/10138/40114
Thesis level: master's thesis
Discipline: Växtproduktionsvetenskap (växtvirologi)
Plant Production Science (Plant virology)
Kasvintuotantotieteet (kasvivirologia)
Abstract: RNA-hiljennys on sekvenssispesifinen RNA:n hajotusmenetelmä, jota kasvit käyttävät geeniekspression säätelyyn ja puolustukseen virustartuntoja vastaan. Virukset ovat kehittäneet RNA-hiljennystä vastaan RNA-hiljennyksenestäjiä, jotka voivat estää ja häiritä hiljennysreaktion kulkua monin tavoin. Virusproteiinit voivat esimerkiksi sitoutua hiljennysreaktion keskeisiä vaiheita ylläpitäviin proteiineihin tai hiljennyksen signaloinnista vastaaviin molekyyleihin. Tässä työssä tutkittiin crini- ja potyvirusten tunnettujen RNA-hiljennyksenestäjäproteiinien vuorovaikutuksia neljän RNA-hiljennystä ylläpitävän kasviproteiinin kanssa. Proteiinien vuorovaikutuksia testattiin hiivan kaksihybridi-menetelmällä (YTHS) ja kahden molekyylin välistä fluoresenssikomplementaatiota (BiFC) käyttäen. Jälkimmäisen menetelmän avulla voidaan tutkittua proteiinivuorovaikutusta havainnoida soluympäristössä. Hiivavektoreihin kloonattujen geenien proteiinintuotto hiivasoluissa tarkastettiin western blot -menetelmällä. BiFC-menetelmässä keskityttiin pääosin hiivan kaksihybridi-menetelmällä havaittujen proteiinien välisten vuorovaikutusten tarkasteluun. Tutkimuksessa havaittiin kolme aikaisemmin tuntematonta proteiinien välistä vuorovaikutusta. Tämän lisäksi tutkittujen virusproteiinien todettiin ensimmäistä kertaa sitoutuvan hiljennystä ylläpitäviin kasviproteiineihin. Vastaavien kasviproteiinien on aikaisemmin todettu olevan muiden hiljennyksenestäjien kohteena. Koska kyseisten hiljennystä ylläpitävien proteiinien toiminnot tiedetään varsin tarkasti, voidaan kolmen havaitun proteiinivuorovaikutuksen ajatella häiritsevän RNA-hiljennystä kyseisten kasviproteiinien toimintaa estämällä.RNA silencing is a sequence specific RNA degradation mechanism which is used by plants to regulate gene expression and to combat virus infections. However, viruses have developed so called silencing suppressors, which can prevent and interfere silencing reaction by many ways. For example, virus proteins can bind to maintaining proteins of the silencing reaction or to molecules which are responsible for signaling of the silencing reaction. This thesis focused on the study of protein-protein-interactions between known silencing suppressors of crini- and potyviruses and four maintaining plant proteins of RNA silencing. Protein-protein-interactions were studied using the yeast two-hybrid system (YTHS) and the bimolecular fluorescence complementation assay (BiFC). The latter method enables visualization of the studied protein interactions in plant cells. Protein expression of the cloned genes in yeast vectors were studied by using western blot. BiFC analysis was focused on protein interactions which were found by YTHS. This study detected three previously unknown protein interactions. Two virus proteins were found for the first time to bind directly to silencing maintaining proteins that are known to be targets of other silencing suppressors. Because the functions of these silencing maintaining proteins are known, it is possible that the three interactions described in this study interfere RNA silencing by impeding the functions of the plant proteins.
Subject: BiFC
crinivirus
RNA silencing
silencing suppressors
RNA-hiljennys
RNA-hiljennyksenestäjä
YTHS
potyvirus


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
Janne Streng Pro gradu 2013.pdf 1.271Mb PDF View/Open

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record