Aeromonas-lajien tunnistaminen HSP60-geenin polymorfian avulla

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi-fe201801151563
Title: Aeromonas-lajien tunnistaminen HSP60-geenin polymorfian avulla
Author: Juntunen, Pekka
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Veterinary Medicine, Department of Food and Environmental Hygiene
Publisher: Helsingfors universitet
Date: 2002
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi-fe201801151563
http://hdl.handle.net/1975/1181
Abstract: Aeromonas-bakteerit ovat gram-negatiivisia, sauvamaisia ja fakultatiivisia anaerobisia bakteereita. Tällä hetkellä tunnetaan jo 16 tai 17 Aeromonas-lajia (genospecies=GS tai hybridization/homology group=HG), mutta aeromonaksille ei ole olemassa yleisesti hyväksyttyä luokittelua. Taksonomia muuttuu jatkuvasti uusien tutkimusten ja tunnistamismenetelmien perusteella. Nykyään luokittelussa yleisesti käytetyt hybridisaatioryhmät ovat toisinaan ristiriidassa perinteisten biokemiallisten ja fysiologisten ominaisuuksien perusteella luokiteltujen lajien kanssa. HSP60 (heat shock protein 60, GroEL tai Cpn60) on yleinen ja konservoitunut lämpösokkiproteiini, jota esiintyy kaikissa mikrobeissa. Tämän vuoksi HSP60-geenifragmentin polymorfiaa on käytetty apuna eri bakteerisukujen ja -lajien taksonomian tutkimisessa. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli kehittää eri Aeromonas-lajien tunnistamiseen sopiva menetelmä, joka perustuu HSP60-geenin polymorfiaan, jota tutkitaan restriktiofragmenttien pituuspolymorfian (RFLP) avulla. Ensin monistettiin polymeraasiketjureaktion (PCR) avulla osa HSP60-geenistä 76 Aeromonas-kannalta (HG 1 - HG 12 ja HG 16). Geenifragmenttien pilkkomista kokeiltiin useilla restriktioentsyymeillä. Parhaiten eri lajit erotteleviksi entsyymeiksi osoittautuivat HhaI ja MboI, joilla pilkottiin kaikki monistuneet HSP60-geenifragmentit. RFLP:llä saadut fragmentit kuvattiin UV-valossa ja analysoitiin Bionumerics-ohjelmalla. Lopuksi analyysituloksia tulkittiin visuaalisesti. Tutkimus osoitti, että nyt kehitetty Aeromonas-lajien tunnistamismenetelmä onnistuu tutkituista 13 genotyypistä erottelemaan toisistaan kahdeksan genotyyppiä: A. hydrophila (HG 1), A. bestiarum (HG 2), A. caviae (HG 4), A. veronii (HG 8/10 ja 10), A. jandaei (HG 9), A. sp. HG 11, A. schubertii (HG 12) ja A. encheleia (HG 16). Aeromonasten tunnistaminen HSP60-geenin polymorfian avulla on nopea ja luotettava menetelmä, jonka kehittämistä kaikkien tunnettujen Aeromonas-lajien tunnistamiseksi kannattaa jatkaa.
Subject: Aeromonas
HSP60
PCR
RFLP
taksonomia
Discipline: Environmental Hygiene
Ympäristöhygienia
Miljöhygien


Files in this item

Files Size Format View

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record