Minkin aleutian tauti -parvoviruskantojen fylogeneettinen erittelytutkimus

Show full item record



Permalink

http://urn.fi/URN:NBN:fi-fe201801151574
Title: Minkin aleutian tauti -parvoviruskantojen fylogeneettinen erittelytutkimus
Author: Knuuttila, Anna
Contributor: University of Helsinki, Faculty of Veterinary Medicine, Department of Basic Veterinary Sciences
Publisher: Helsingfors universitet
Date: 2007
URI: http://urn.fi/URN:NBN:fi-fe201801151574
http://hdl.handle.net/1975/1480
Thesis level:
Abstract: Aleutian tauti (AD, Aleutian disease) on parvoviruksiin kuuluvan minkin aleutian tauti -viruksen (AMDV, Aleutian mink disease parvovirus) aiheuttama immunokompleksitauti. Se on yleinen kaikissa minkintuottajamaissa aiheuttaen merkittäviä tuotantotappioita tarhaajille. Aleutian taudin taudinkuva vaihtelee viruskannasta ja isäntätekijöistä riippuen. Viruskantoja esiintyy apatogeenisista voimakkaasti patogeenisiin. Siniharmaaturkkiset aleutian-genotyypin minkit (Mustela vison) ovat alttiimpia tartunnalle ja kehittävät vakavamman tautimuodon. Klassiselle AD:lle tyypillisiä piirteitä ovat pysyvä viremia, plasmasytoosi, hypergammaglobulinemia, korkeat vasta-ainetasot, infektiivisten immunokompleksien muodostuminen, vaskuliitti ja glomerulonefriitti. Minkin aleutian tauti -virusta on tutkittu laajalti viimeisen 30 vuoden aikana, mutta tutkimuksia viruksen fylogeniasta on tehty vähän. Lisäksi suomalaisten AMDV-kantojen molekyyliepidemiologiasta ja patogeenisuudesta ei ole ollut tarkkaa tietoa. Tämän tutkimuksen tavoitteina oli: 1) pystyttää menetelmät DNA:n eristämiseen ja AMDV-NS1 (major non-structural protein) –geenialueen osan monistamiseen sekä tutkia näiden menetelmien avulla suomalaisia AMDV-kantoja eri tiloilta löytyneistä luonnollisesti infektoituneista minkeistä; 2) analysoida kyseisiä viruskantoja erilaisilla fylogeniamenetelmillä ja verrata niitä aikaisemmin julkaistuihin kantoihin; 3) arvioida kantojen mahdollisia infektioreittejä, patogeenisuutta, ajallista ja maantieteellistä jakautumista sekä muunteluastetta. Neljästätoista suomalaisesta minkistä viideltä pohjanmaalaiselta ja pohjois-pohjanmaalaiselta tilalta eristettiin viruksen DNA:ta. Tämän jälkeen DNA:sta monistettiin osa NS1-geenistä semi-nested PCR -menetelmää käyttäen. Näiden 14 AMDV-sekvenssin lisäksi 31 ruotsalaista, 4 suomalaista ja 5 muuta viruksen sekvenssiä haettiin GenBank-tietokannasta. Kyseiset sekvenssit analysoitiin käyttäen useita erilaisia fylogeniaohjelmia, -menetelmiä ja -malleja. Parhaiten puun ratkaisi MEGA-ohjelmalla tehty nukleotidisekvenssiin perustuva juurrettu parsimonia-puu. Fylogeneettinen analyysi viittasi siihen, että eri AMDV-kannat jakautuvat kolmeen ryhmään (I-III). Jokaisessa näistä ryhmistä oli suomalaisia AMDV-kantoja. Yksi ryhmä (II) koostui pelkästään pohjoismaisista kannoista. Ryhmän III muodostivat vanhimmat ja vähemmän muutoksia sisältävät kannat. Näytti siltä, että kaikki AMDV-kannat ovat elinvoimaisia, ja että patogeeniset kannat syntyvät de novo lievästi patogeenisista kannoista ja päinvastoin. Puun perusteella voitiin myös päätellä, että AMDV on tullut Suomeen kahteen - kolmeen eri otteeseen. Suomalaisten AMDV-kantojen tai kaikkien kantojen yhteistä maantieteellistä alkuperää ei pystytty puun perusteella luotettavasti selvittämään. Rekombinaatiota tai kantojen ryvästymistä eristysvuoden perusteella ei todettu. Kuten aikaisemmissa tutkimuksissa, myöskään tässä tutkimuksessa ei löydetty selitystä kantojen patogeenisuuseroille. Tutkimuksessa kuvatut kannat poikkesivat toisistaan nukleotiditasolla 0-14 % ja aminohappotasolla 0-22 %. Tutkimuksessa kuvattiin ensimmäinen AMD-viruksen fylogenia-analyysi Suomessa. Tämä AMDV:n fylogeneettinen puu on myös ensimmäinen AMDV:sta julkaistu nukleotidisekvenssiin perustuva merkkipohjaista menetelmää käyttäen rakennettu ulkoryhmän avulla juurrettu puu. Lisäksi analyysissä oli mukana enemmän viruskantoja kuin aiemmin. Tutkimuksessa pystytetyt viruksen DNA-eristys- ja PCR-menetelmät hyödyttävät myös tulevia tutkimuksia aiheesta. Esimerkiksi uusien sekvenssien kerääminen muista maista, villeistä näätäeläimistä ja freteistä saattaa auttaa muodostamaan tarkempaa kuvaa viruksen sukulaisuussuhteista ja kehityksestä.
Subject: NS1
minkin aleutian tauti
virus (AMDV)
plasmasytoosi
viruskanta
Discipline: Microbiology and Epidemiology
Mikrobiologia ja epidemiologia
Mikrobiologi och epidemiologi


Files in this item

Total number of downloads: Loading...

Files Size Format View
knuuttilaa.pdf 24.45Kb PDF View/Open

The following license files are associated with this item:

This item appears in the following Collection(s)

Show full item record